วรเจตน์เกิดที่จังหวัดพระนครศรีอยุธยา มีพี่น้องสี่คน[9] บิดาเป็นอดีตนายสถานีรถไฟบ้านม้า[9] เขาสนใจศึกษาการเมืองการปกครอง ด้วยตนเองมาตั้งแต่เด็ก จึงมีแนวคิดที่จะศึกษาในสาขารัฐศาสตร์และนิติศาสตร์[9]

วรเจตน์จบการศึกษาชั้นอนุบาลและชั้นประถมศึกษาที่โรงเรียนจิระศาสตร์วิทยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา[10] จากนั้นเข้าศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้นที่โรงเรียนหอวังในกรุงเทพมหานคร[10] ระหว่างนั้น เขานั่งรถไฟไปโรงเรียนและกลับบ้านที่พระนครศรีอยุธยาทุกวัน โดยลงที่สถานีบางเขนแล้วต่อรถประจำทางไปยังโรงเรียน ต่อมา สำเร็จชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายที่โรงเรียนเตรียมอุดมศึกษา[9], นิติศาสตรบัณฑิต เกียรตินิยมอันดับ 2 มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2533[10] และรับทุนมูลนิธิอานันทมหิดลไปศึกษาต่อจนสำเร็จปริญญานิติศาสตรมหาบัณฑิต มหาวิทยาลัยเกิททิงเงิน (University of Göttingen) ประเทศเยอรมนี ด้วยคะแนนสูงสุดของรุ่น[10] และปริญญาเอก Doctor der Rechte (Summa cum Laude) จาก มหาวิทยาลัยเกิททิงเงิน

วรเจตน์ชื่นชอบนวนิยายจีน เช่น มังกรหยก, ฤทธิ์มีดสั้น[9]